藏、水户门炎、转寝小春为首的高层的矛盾。
这最早要追溯到二代火影时期，因为斑的背叛，以及宇智波一族的自身原因，所以二代设立了警务部队，将宇智波一族集中起来，既方便监视和管理，也能防止宇智波和其他木叶忍者产生冲突。
这是基于二代火影对宇智波一族的研究做出的判断。
起码是处于公正角度做出的应对措施。
二代火影的弟子之中也有宇智波镜这个宇智波成员。
而二代火影的弟子们继承了二代对待宇智波的态度和政策，只是比起二代火影，他们难以把握合适的尺度，无法真正公正的对待宇智波一族。
毕竟就算是当世五影之一，为誉为‘忍雄’的三代火影猿飞日斩，也没有二代火影千手扉间的实力，更何况其他几名高层。
至于第二个层面，才是宇智波和木叶各个家族的矛盾，以及和平民之间的小矛盾。
这是涉及到利益纠纷所导致的矛盾, 宇智波在历次忍界大战中, 都是最活跃的忍族, 就算是在三战中被派往雾隐村，对付最擅长水遁的忍村，并且对方的雾隐之术非常克制写轮眼的情况下，依旧以少胜多，挫败了雾隐村的多次进攻。
可是宇智波作为木叶最强的忍族，很好了履行了木叶一份子的义务，却没有享受与之对等的权利。
高层打压、排挤，并且将本该分给宇智波一族的利益，分给了其他忍族，而那些成为既得利益者的忍族，就算没有伙同高层一起打压宇智波，但也绝不会替宇智波打抱不平，更不会亲近宇智波，因为他们拿走了本该属于宇智波一族的东西。
至于宇智波和平民的矛盾，更是高层有意引导舆论的缘故。
掌握了木叶警务部队的宇智波一族，承担着维护木叶治安的责任，说的不好听点就是木叶城管，高傲的宇智波，面对毫无实力
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